Nació en Mogi das Cruzes, São Paulo, Brasil. Es hijo de Neymar Sr. y Nadine. Heredó el nombre de su padre, que también fue futbolista y se convirtió en asesor de su hijo. Ha hablado varias veces sobre él: Mi padre ha estado a mi lado desde que era pequeño. Él cuida de las cosas, mis finanzas y mi familia. También tiene una hermana llamada Rafaella.
En 1992, se trasladó con su familia a São Vicente. Luego, en 2003, se trasladó a Santos. Con el dinero ganado, compraron una casa al lado de Vila Belmiro. Su calidad de vida familiar mejoró, ya que a los 15 años, ganaba 10.000 reales al mes y a los 16, 25.000.
Juventud
Comenzó a jugar al fútbol sala de la mano de Betinho en el Tumiaru. Luego pasó a jugar en varios clubes de la ciudad de Santos como: Portuguesa Santista, Gremetal y otra vez en el Portuguesa. En el 2003, fichó por el Santos, donde fue instalado en la academia de juveniles, que en el pasado, produjo internacionales brasileños como Bruno Coutinho Martins, Clodoaldo , Diego Walsh, Elano y Alex. Empezaron a compararlo con jugadores como José Macia Pepe, Pelé y Robinho en el inicio de su carrera en el Peixe (Apodo del Santos). Mientras que en la academia de juveniles, Neymar jugó con Ganso, convirtiéndose en buenos amigos en el proceso.
A la edad de 14 años, viajó a España para fichar por el Real Madrid. En ese momento, el Madrid tenía estrellas Ronaldo, Zidane y Robinho. Neymar pasó la prueba para su posible traslado, pero el Santos, habría pagado 1 millón de reales para mantenerlo en el club. Progresó a través de las categorías inferiores con rapidez y se le concedió finalmente una promoción para formar parte del primer equipo en 2009.