Temporadas

Santos
Temporada 2009/10

Hizo su debut profesional el 7 de marzo de 2009 con tan solo 17 años. Entró como sustituto en los últimos treinta minutos en la victoria por 2-1 ante Oeste. La semana siguiente, anotó su primer gol ante el Mogi Mirim. El 11 de abril, anotó el gol decisivo en la victoria por 2-1 en la ida de semifinales del Campeonato Paulista ante el Palmeiras. En la final perdieron 4-2 ante el Corinthians. En su primera temporada, anotó 14 goles en 48 partidos.

Temporada 2010/11

Temporada 2011/12

El 15 de abril de 2010, marcó cinco goles en la victoria 8-1 ante el Guarani en la fase de clasificación de la Copa de Brasil. Después del Campeonato Paulista en el que anotó 14 goles en 19 partidos, el club se coronó campeón tras una victoria global por 5-5 sobre Santo André en la final. Posteriormente fue premiado como el Mejor Jugador del Campeonato. Tras sus buenas actuaciones, fue comparado con su ídolo Robinho o incluso con la leyenda brasileña Pelé. El club rechazó una oferta del equipo inglés West Ham de 12.000.000 £ y otra del Chelsea de 20.000.000 £. Después de recibir todas esas ofertas, dijo: Estoy centrado sólo en el Santos. Su agente Wagner Ribeiro, indicó que el sueño de Neymar era el de convertirse en el Mejor Jugador del Mundo y que su camino estaba en otra parte ya que serlo mientras jugara en Brasil era casi imposible. A pesar de lo que dijo, un año más tarde dijo para una entrevista con el Daily Telegraph, que había sido feliz con el interés del Chelsea en él, ya que otro de sus sueños era jugar en Europa, al tiempo que indica que en ese momento había sido la decisión correcta permanecer en el Peixe. Tuvo unas magníficas dos primeras temporadas, después de haber terminado la Temporada 2010/11 con un total de 42 goles en 60 partidos. El 15 de septiembre en un partido ante el Goianense, el entrenador del Santos, Dorival Júnior, mandó a otro jugador lanzar el penalti tras una falta sobre Neymar. Su decisión fue porque había fallado un penalti en la Final de la Copa do Brasil de ese año, aunque la ganaron. En respuesta a esto, Neymar dio la espalda a su jefe y tuvo que ser calmado por un juez de línea y discutió con su capitán, Edu Dracena. Las consecuencias fueron que Dorival deseaba tener suspendido por dos semanas al jugador pero el club lo despidió rápidamente. Neymar se disculpó por el incidente. El 30 de diciembre, quedó en tercer lugar en el premio al Futbolista del año en Sudamérica por detrás de Andrés D'Alessandro y Juan Sebastián Verón.

Anotó seis goles en la Copa Libertadores, quedando en el tercer lugar de los Máximos Goleadores de la Competición. En la Final, se enfrentaron a Peñarol de Uruguay quedando empate a cero en el partido de ida. En casa, en el partido de vuelta, Neymar abrió el marcador a los 46 minutos y el Peixe se mantuvo duro para conseguir la victoria por 2-1. Neymar recibió el Premio al Hombre del Partido. La victoria dio al Santos su primera Copa Libertadores desde 1963, cuando el brasileño Pelé jugaba en el club. En septiembre de 2011, el presidente del Santos, Luis Ribeiro, amenazó con reportar al Real Madrid a la FIFA tras informar que el club blanco había intentado fichar a Neymar y que dijeron que llegaron a un acuerdo pre-contrato, pero no era cierto.

El 9 de noviembre, firmó la renovación de su contrato que le haría permanecer en el Peixe hasta después de la Copa Mundial de Fútbol de 2014 disputada en su país. El acuerdo habría aumentado los salarios del jugador en un 50%, llegando a la cantidad que pagan los jugadores Europeos. El 14 de diciembre, anotó el primer gol en el partido que ganaron 3-1 ante el Kashiwa Reysol en las Semifinales de la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en el Toyota Stadium, Toyota (Aichi), Japón. Cuatro días después, en la Final ante el FC Barcelona, fueron derrotados por 4-0 y quedaron como Subcampeones. Fue nominado para el Premio Puskás y el FIFA Balón de Oro, donde consiguió llegar a ser Finalista en el primero y ganarlo, y quedar 7º en el segundo. El 31 de diciembre, ganó el premio al Futbolista del año en Sudamérica por primera vez y el Premio World Soccer al mejor jugador joven del mundo.

Temporada 2012/13
El 5 de febrero de 2012, día de su 20 cumpleaños, anotó su gol número 100 con el Santos en un partido ante el Palmeiras del Campeonato Paulista. El 25 de febrero, 20 días después, anotó dos goles (Uno desde 25 yardas) y asistió a otros dos en la victoria de 6-1 sobre el Ponte Preta. El 7 de marzo, anotó una tripleta ante el Internacional en un partido de la Fase de Grupos de la Copa Libertadores. El 29 de marzo, volvió a anotar ante el Guaratinguetá. El 29 de abril, anotó otra tripleta esta vez ante el São Paulo. El 18 de octubre, jugó su partido número 200 con el Santos ante al Atlético Mineiro donde llevó el dorsal número 200 en su camiseta. Recibió una Placa Conmemorativa al principio del partido. Terminó con empate a 2 y Neymar marcó uno de los goles para su equipo y al acabar el partido, Ronaldinho le regaló su camiseta. Finalmente, el Campeonato Brasileño de 2012 se lo llevó el Fluminense al ganar 3-2 al Palmeiras y ponerse 10 puntos de ventaja sobre el Grêmio para proclamarse matemáticamente a falta de tres jornadas (Al ser imposible que el Grêmio consiguiera 10 puntos en tan pocos partidos) como campeón. El Santos quedó doceavo. Volvió a ser nominado para el Premio Puskás y el FIFA Balón de Oro, donde volvió a llegar a ser Finalista en el primero pero no en el segundo. En la jornada Final, Ronaldinho dijo a Neymar: Tú vas en moto. Ganó la Bota de Ouro y el Premio Globolinha de Ouro al Mejor Gol del Campeonato Brasileño (Hors Concours) que solo había obtenido Pelé. Manifestó su felicidad con esta frase: Lograr este galardón y recibirlo de mi ídolo son motivos para estar orgulloso. Dando a entender que el Gaúcho también es su ídolo. Terminó la Temporada anotando 42 goles en 47 partidos.